La struttura della Villa è la tipica e classica struttura dei Palazzi delle Nobili famiglie di Venezia: un lato rivolto verso il “Canal Grande” e un lato rivolto alle calli e ai “campi” (piazze) di Venezia.
In origine il Naviglio passava esattamente davanti alla villa, e la via sulla quale ci trovate, prende proprio il nome dall’Argine Sinistro… l’argine destro crollò secoli fa, dopo di che costruirono il Naviglio nell’esatta posizione in cui lo troviamo ora.
Ca’ Zane Martin è connotata da un impianto plano-volumetrico cinquecentesco. Dai ritrovamenti avvenuti durante i recenti lavori di restauro, durati dieci anni, sembra che la villa sia stata costruita direttamente su un impianto quattrocentesco, se non già su rovine romane.